De Romeinse schrijver Plinius gebruikte al de naam Rubia voor meekrap, vanwege de rode kleur van de wortelstokken. Tinctorum is afgeleid van het Latijnse woord voor verven. In de oudheid werden meekrapwortelen al in verschillende delen van de wereld als verfstof gebruikt, met name in Azië, waar de plant inheems is, en in Egypte. Een van de oudst bekende voorbeelden van textiel met meekrapwortel geverfd, is een riem die werd aangetroffen in het graf van Tutankhamon (1350 v. Chr.)

Maar ook in de ruïnes van Pompeï en in het oude Corinthië trof men textiel geverfd met meekrap aan. De oude Grieken gebruikten meekrap om mee te verven en ook in het Romeinse Rijk werd de belangrijkste rode kleurstof uit meekrap verkregen. Na de val van het Romeinse Rijk raakte de kennis van het verven met meekrap verloren. Alleen in het Byzantijnse Rijk en het Verre Oosten werd deze verftechniek toen nog toegepast. Tijdens de onrust in de jaren 600 tot 900 na Christus zwierven veel ververs richting Italië. Vanuit Italië kwamen ze vervolgens terecht in Frankrijk, het Rijnland en zelfs Engeland.
In de Middeleeuwen werd de teelt van meekrap gestimuleerd door Karel de Grote. Zo kwam de plant in Nederland terecht, met name in Zeeland en op de Zuid-Hollandse eilanden. Hier werd meekrap een economisch belangrijk product.

Van 1600 tot 1900 kende meekrap een zeer levendige handel door heel Europa.In 1826 ontdekte de Franse chemicus Pierre-Jean Robiquet dat meekrapwortels twee kleurstoffen bevatten: het rode alizarine en het snel verblekende purpurine. In 1868 lukte het de Duitse chemici Karl Graebe en Karl Lieberman in het laboratorium van BASF om alizarine te synthetiseren uit steenkoolteer, antraceen, door een behandeling met achtereenvolgens kaliumbichromaat en geconcentreerd zwavelzuur. Alizarine werd daarmee de eerste verfstof die op synthetische wijze gemaakt kon worden. Deze synthetische alizarine was goedkoper dan de alizarine uit meekrap en hierdoor ging het vanaf dat moment snel bergafwaarts met de meekrapteelt. Begin 1900 was de professionele teelt volledig verdwenen.

Medio 1990 vatte de Wageningse hoogleraar, Ton Capelle, het idee op om de winning van kleurstof uit meekrap nog eens aan een nader onderzoek te onderwerpen. Dit resulteerde uiteindelijk in het proefschrift 'Red, redder, madder: analysis and isolation of anthraquinones from madder roots (Rubia tinctorum)' waarop Dorien Derksen in 2001 promoveerde aan Wageningen Universiteit. Sinds januari 2005 is mevrouw Derksen manager Research, Development & Production bij Rubia Pigmenta Naturalia. Het bedrijf is aanvankelijk onder leiding van de initiatiefnemer, prof. Capelle, als coöperatie van start gegaan en sinds oktober 2004 formeel als commercieel bedrijf actief in de markt, onder leiding van Anco Sneep.